Mănăstirea Vatoped este una din cele douăzeci de mari mănăstiri athonite, situată în partea de nord-est a peninsulei monastice, şi a doua în ierarhia din Sfîntul Munte. Conform tradiţiei, ctitorul fondator al Mănăstirii Vatopedului dintru început a fost sfîntul Constantin cel Mare, ca mulţumire că Maica Domnului l-a scăpat pe fiul său Arcadie de la înec. Şi numele mănăstirii s-ar trage de la această întîmplare: "vatos", arbust sau tufiş, şi "paidos" copil – copilul găsit în tufiş / arbust.
Pe la 361-363 tot Muntele Athos a fost pustiit de păgîni, iar în anii 379-395 mănăstirea a fost refăcută de împăratul Teodosie cel Mare. Dar pe la anul 860 a fost din nou prădată de către beduinii siriaci. Mănăstirea a fost reîntemeiată în anul 972 de trei călugări: Atanasie, Nicolae şi Antonie, care au fost ucenici ai sfîntului Atanasie Athonitul, fondatorul mănăstirii Marea Lavră şi a monahismului de obşte în Sfîntul Munte Athos.
Catoliconul (biserica centrală) mănăstirii a fost zidit în secolul al X-lea, în stilul arhitectural atonit, şi este închinat Sfintei Fecioare, Maica Domnului. Catoliconul mai păstrează pînă astăzi cîteva mozaicuri din epoca bizantină. În mănăstire şi împrejurimi se găsesc nouăsprezece paraclise, dintre care cinci legate de catoliconul mănăstirii.
Şi Alexandru Lăpuşneanu, domnul Moldovei, poate fi considerat ca fiind unul dintre ctitorii Mănăstirii Vatopedi. În a doua domnie a sa (1563-1568), el a dăruit sfintei mănăstiri o cupă mare de argint bătută cu solzi de aur („ce a băut însă şi doamna sa dintr'însa”), precum şi merticul anual de 300 galbeni roşii. În acea vreme se aflau circa 300 călugări în mănăstire.
Cel mai de preț odor al Mănăstirii este Cinstitul Brîu al Maicii Domnului de culoare neagră, ce se păstrează într-o raclă de argint. Pe Sfînta Masă de aici se păstrează două cruci de la împăratul Constantin, făcute după modelul care i s-a arătat pe cer înainte de a începe lupta cu Liciniu. Alte sfinte moaşte: Capul Sf. Apostol Andrei, cel întîi chemat; Paharul (Jaspis) oferit de Manuel Comneanul-Paleologul; un deget al Sf. Ioan Botezătorul; mîna Sf. Grigorie Decapolitul, dăruită de doamna Maria, soţia lui Şerban Cantacuzino, şi multe alte sfinte moaşte. Printre icoanele Maicii Domnului care se păstrează aici se află – Icoana Maicii Domnului "Pantanassa" — "Împărăteasa tuturor", "Izbăvitoarea celor deznădăjduiţi", "Izvorâtoarea de mir" etc.
Biblioteca din Vatoped este cea mai bogată din Sf. Munte. Pe lângă cele mai mult de 10.000 de volume tipărite, mai sunt şi peste 1700 de manuscrise de mare valoare istorică şi arheologică, între care: 634 manuscrise greceşti (dintre care ca la jumătate pe pergament), 150 cu cântări bisericeşti şi o serie de manuscrise Slavoneşti.
Și aici Prea Sfințitul Nicodim a fost primit cu multă căldură și dragoste. Din păcate, egumenul Efrem nu se afla în mănăstire, Ierarhul fiind întmpinat de obștea mănăstirii în frunte cu locțiitorul de stareț, părintele arhimandrit Gherman. Prea Sfinția Sa a vorbit cu prea cuvioșii călugări de aici despre modul în care a fost susținut părintele Efrem de clerul, monahii și credincioșii Episcopiei de Edineț și Briceni pe perioada detenției sale prin colectarea de semnături adresate autorităților și Președintelui Republicii Elene. Aceste semnături au fost transmise, împreună cu toată dragostea și considerația poporului drept-măritor din Episcopia noastră, părintelui Gherman spre a fi păstrate în Sfînta Mănăstire.